Struktur Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Kutai Kartanegara diatur dalam Peraturan Bupati Kutai Kartanegara Nomor 37 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Perangkat Daerah pada Badan Pendapatan Daerah. Susunan Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Kutai Kartanegara terdiri dari Kepala Badan, Sekretariat, Bidang Pendaftaran dan Penetapan, Bidang Penagihan, Bidang Pembukuan dan Pelaporan, Bidang Perencanaan, Pengembangan dan Pengawasan Pendapatan, Kelompok Jabatan Fungsional, serta Unit Pelaksana Teknis Daerah (UPTD).