Sebelum dibentuk menjadi Badan Pendapatan Daerah, instansi pengelola pendapatan daerah di Kabupaten Kutai Kartanegara yaitu Dinas Pendapatan Daerah. Namun, dengan diterbitkannya Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2014 tentang Pemerintahan Daerah sebagai pengganti Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintahan Daerah; dan Peraturan Pemerintah Nomor 18 Tahun 2016 Tentang Perangkat Daerah. Maka di daerah, dalam hal ini Pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara melakukan penyesuaian struktur kelembagaan, yaitu dengan menetapkan Peraturan Daerah Kabupaten Kutai Kartanegara Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kabupaten Kutai Kartanegara. Implikasi dari Peraturan Daerah tersebut diantaranya adalah perubahan nomenklatur Dinas Pendapatan Daerah menjadi Badan Pendapatan Daerah, dan hal ini diatur lebih lanjut pada Peraturan Bupati Kutai Kartanegara Nomor 40 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi Serta Tata Kerja Perangkat Daerah Pada Badan Pendapatan Daerah Kabupaten KutaiKartanegara. Berdasarkan Peraturan Bupati Kutai Kartanegara Nomor 40 Tahun 2016 tersebut, kedudukan Badan Pendapatan Daerah merupakan unsur penunjang urusan pemerintahan pemerintah daerah dibidang pendapatan daerah yang berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati, dipimpin oleh Kepala Badan dan bertanggungjawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah. Sedangkan tugas pokok Badan Pendapatan Daerah yaitu melaksanakan tugas membantu Bupati dalam melaksanakan fungsi penunjang urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah di bidang pendapatan daerah. Untuk melaksanakan tugas pokok tersebut, Badan Pendapatan Daerah Kabupaten Kutai Kartanegara mempunyai fungsi:
(1) penyusunan kebijakan teknis di bidang pendapatandaerah.
(2) pelaksanaan tugas dukungan teknis di bidang pendapatan daerah.
(3) pemantauan, evaluasi, dan pelaporan pelaksanaan tugas dukungan teknis di bidang pendapatandaerah.
(4) pembinaan teknis penyelenggaraan fungsi-fungsi penunjang urusan pemerintahan daerah di bidang pendapatan daerah.
(5) pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Bupati sesuai tugas dan fungsinya.